Su origen está en el fandango vinculado al baile. Su compás, en un principio por abandolao, se fue parando hasta dejarse libre: para cantarlo, en exclusiva, con letras cada vez menos ceremoniosas y un sentido lírico creciente. Este estilo, muy solicitado por la afición durante el siglo XIX, vivió un proceso de aflamencamiento, hasta convertirse en el palo que conocemos hoy.
Es, asimismo, uno de los palos más ricos de todo el repertorio jondo, debido a la gran cantidad de intérpretes que se acercaron a él para crear sus variantes. Dentro de una misma estructura, esculpieron diferentes melodías. Juan Breva, que grabó las malagueñas todavía en el compás abandolao, propio de otros cantes como la jabera o la rondeña, con los que está enraizada, fue uno de sus maestros.
También, cómo no, La Peñaranda, El Canario, Gayarrito, Fosforito El Viejo y La Trini, que confeccionaron algunas de las versiones más populares que se ejecutan hoy.
En la malagueña, además de Málaga, tiene una importancia vital en su desarrollo la provincia de Cádiz, donde tan bien se cultivó. Enrique El Mellizo, dicen que inspirándose en el canto gregoriano, dio con tres malagueñas: tal vez las que se han grabado en más ocasiones. Antonio Chacón, más de cinco.